Разящий меч нового Синсэнгуми

Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает развитыми дедуктивными способностями, за что получил прозвище "современный Шерлок". Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Замеченный преступниками, Шиничи оказывается в их власти. Ему насильно дают принять экспериментальную таблетку, после чего он теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследующих его членов мафиозной семьи, он принимает решение изменить свою жизнь. Под вымышленным именем Конан Эдогава он обращается за помощью к Ран Мори и селится в её доме. Там он знакомится с её отцом, Когоро Мори, который владеет небольшим детективным агентством.

Сохранив свои интеллектуальные способности и знания, Шиничи начинает тайно помогать в расследовании различных уголовных дел, которые поступают в агентство. Параллельно он ведет собственное негласное расследование с двумя основными целями: выяснить природу вещества, изменившего его тело, и найти способ вернуть себе прежний облик, продолжая при этом избегать внимания преступной организации.